Univerzita Karlova

Title and subject description

• Title: Část A - Sekvenační chemie (reagencie)

Brief subject description:
Sekvenační chemie je nezbytným předpokladem pro realizaci (spuštění a provedení) sekvenačních běhů na přístroji MiniSeq. Při samotném procesu sekvenace je nejdříve v laboratoři připravena tzv. sekvenační knihovna- koncentrovaná směs vybraných DNA fragmentů s navázanými oligonukleotidy odpovídajícími jednotlivým vzorkům (indexy) a oligonukleotidy pro provedení sekvenace (adaptory). Tato knihovna je dále sekvenována na NGS (Next-Generation Sequencing) přístroji, kdy pomocí sekvenační chemie na flowcell proběhne tvorba klastrů a sekvenační reakce.

Požadovaná sekvenační chemie bude využita k analýzám nádorové DNA získané z tkáně fixované formalinem a zalité do parafinu. Bude sloužit k sekvenování knihoven DNA připravených technologií cíleného obohacení k vyhledávání a mnohonásobné porovnávání jednobodových mutací (SNPs), delecí, inzercí, variací v počtu kopií (CNV), sekvenaci složitých oblastí genomu (GC-bohaté oblasti, oblasti homopolymerů, oblasti s repetitivními sekvencemi).
Sekvenační chemie musí být kompatibilní se sekvenátorem MiniSeq (Illumina).

Estimated value

• 766 380 Kč without VAT